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享受到企业所得税优惠不一样： 高新技术企业认定后，在地方税务局备案后，企业所得税由原来的25%降低为15%。企业必须每年在国家税务局做高新技术企业备案，通过后，才可以享有到政策优惠。
软件企业认定，在国家税务局备案后，自获利年度起，第1年和第2年免征企业所得税，第2年至第5年减半征收企业所得税。享有完5年优惠后，不会再享有任何企业所得税政策优惠(包含高新企业政策优惠)，企业所得税按照25%征收。
有效期和年审不一样： 高新技术企业有限期为3年，3年复审，第6年再次认定。拟认定的高新技术企业每年按照相关要求报统计和科委备案，另外在地方企业所得税减免所办理减免备案。
软件企业实行每年年检，按照软件企业管理办法要求的指标和资料，给予相关资料，每年的6月份之前办理软件企业年检，倘若通过了，可以享有上个年度的企业所得税减免，要是没有通过，无法最享有企业所得税减免。
发展方向不同： 国家高新企业评定管理条例是为帮扶和激励高新技术企业,关键是制定整体规划、正确引导公司的制造、科学研究、平时规章制度的规范性,并构思有关的发展战略。
软件企业认定管理条例是有关落实国务院办公厅激励服务外包产业和集成电路芯片产业发展规划多个现行政策实施方案,进一步推动当地服务外包产业和集成电路芯片产业发展,融合当地具体情况,制订有关现行政策。
申报内容不同： 要想研究透彻双软认证和高新认证的区别有哪些，那么我们首先就需要了解清楚其具体内容指的是什么。其中，双软认证是指软件产品评估和软件企业评估;企业申请双软认证除了获得软件企业和软件产品的认证资质，同时也是对企业知识产权的一种保护方式，更可以让企业享受国家提供给软件行业的税收优惠政策。
而高新认证是指通过科学技术或者科学发明在新领域中的发展，或者在原有领域中革新的企业。主要是规划、引导企业的生产、科研、日常制度等规范化，符合国家相关战略思路。
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